木耳一般需要浸泡2-3小时才能食用，具体时间与水温、木耳品种等因素有关。
木耳浸泡时间主要取决于水温。使用冷水浸泡时，干木耳需2-3小时充分吸水膨胀，此时质地恢复弹性，菌褶舒展无硬芯。水温在30-40摄氏度时可缩短至1小时左右，但高温会破坏部分水溶性维生素。泡发后的木耳体积会增大3-5倍，颜色转为半透明褐色，表面光滑无黏液。浸泡容器建议选择玻璃或陶瓷材质，避免金属器皿导致氧化变色。泡发过程中可每隔1小时检查软化程度，捏压菌盖中心无硬块即为泡发完成。
部分厚肉品种如东北秋耳需延长至4小时，而薄片云耳可能仅需1.5小时。夏季室温超过25摄氏度时应放入冰箱冷藏泡发，防止微生物滋生。若采用热水急泡法，需保持水温不超过60摄氏度且时间控制在20分钟内，但口感会稍逊于冷水慢泡。泡发用水量应至少是干木耳重量的5倍，中途不建议换水以免损失多糖类物质。完全泡发的木耳可在冷藏保存24小时，冷冻保存7天。
食用前需用流水反复冲洗木耳缝隙中的杂质，沸水焯烫1分钟可进一步提升安全性。建议将泡发好的木耳用于凉拌时搭配蒜末、醋等杀菌调料，炒制时注意大火快炒保持脆嫩口感。日常储存干木耳应置于阴凉干燥处，避免受潮霉变。若发现泡发后产生异味、黏滑或颜色异常，应立即丢弃不可食用。特殊人群如消化功能较弱者，可将木耳切细丝或延长炖煮时间至15分钟以上。