复杂性肛瘘需根据病情严重程度采取阶梯式治疗，主要有保守治疗、挂线疗法、瘘管切开术、肛瘘切除术、生物补片修复术等方法。
1、保守治疗
适用于早期或症状较轻者，通过高锰酸钾坐浴缓解炎症，配合莫匹罗星软膏等外用抗生素控制感染。日常需保持会阴清洁，避免久坐久站，饮食需增加膳食纤维预防便秘。
2、挂线疗法
通过弹性胶线或丝线贯穿瘘管，逐步切割瘘管组织并引流脓液。适用于高位肛瘘，可减少肛门失禁风险。术后需定期紧线并配合头孢克洛分散片等口服抗生素预防感染。
3、瘘管切开术
直接切开瘘管全程，清除坏死组织后开放创面引流。适用于低位单纯性肛瘘，术后使用康复新液促进创面愈合，疼痛明显时可短期服用布洛芬缓释胶囊。
4、肛瘘切除术
完整切除瘘管及周围瘢痕组织，适用于反复发作的复杂性肛瘘。可能需结合肛门括约肌修补术，术后使用左氧氟沙星片预防感染，创面愈合需4-6周。
5、生物补片修复术
采用猪小肠黏膜下层等生物材料填充瘘管腔隙，促进组织再生。适用于合并糖尿病等愈合困难患者，术后需控制血糖并定期复查瘘管闭合情况。
术后需保持大便通畅，每日饮水不少于2000毫升，适量进食西蓝花、燕麦等富含膳食纤维食物。避免辛辣刺激饮食，便后使用温水清洗会阴，3个月内禁止剧烈运动及重体力劳动。若出现发热、创面渗液增多等异常情况需及时复诊。