长期口腔溃疡可就诊于口腔黏膜科、口腔内科或综合医院口腔科，可能由维生素缺乏、免疫异常、局部刺激、消化系统疾病或感染等因素引起。
1、口腔黏膜科
口腔黏膜科是诊治口腔溃疡的首选科室，医生会通过视诊、触诊判断溃疡性质，必要时进行组织活检排除癌变。对于反复发作的溃疡，可能开具复方氯己定含漱液、重组人表皮生长因子凝胶等促进愈合的药物，并建议检测血清铁、叶酸等营养指标。
2、口腔内科
口腔内科可处理常见口腔溃疡，针对创伤性溃疡会清除刺激源如尖锐牙尖，对轻型阿弗他溃疡可能使用曲安奈德口腔软膏。若伴随牙龈出血等症状，可能联合牙周治疗。
3、消化内科
当溃疡伴随腹痛、反酸时需排查消化系统疾病，如克罗恩病或乳糜泻可能引发口腔溃疡。医生可能建议胃镜检查，治疗原发病可改善溃疡症状。
4、风湿免疫科
白塞病、系统性红斑狼疮等免疫性疾病常伴发口腔溃疡，需检测抗核抗体等指标。确诊后需用免疫调节剂如沙利度胺片控制病情。
5、中医科
中医认为口腔溃疡与心脾积热有关，可能开具清热解毒的中成药如口炎清颗粒，配合针灸足三里等穴位调节体质。
长期口腔溃疡患者需保持口腔清洁，使用软毛牙刷避免刺激创面，饮食宜清淡并适量补充B族维生素。避免进食过热、辛辣或酸性食物，戒烟限酒，规律作息有助于减少复发。若溃疡持续超过两周不愈或伴随发热、体重下降等症状，须及时复诊排除恶性病变。