新生儿接种乙肝疫苗第二针后可能出现局部红肿、低热、烦躁哭闹等常见反应，通常无须特殊处理。少数情况下可能出现持续高热、严重过敏等异常反应，需及时就医。
接种部位红肿硬结是乙肝疫苗第二针最常见的反应，多发生在注射后24小时内，表现为针眼周围皮肤发红、轻微肿胀或触摸有硬块，一般直径不超过3厘米，2-3天可自行消退。期间保持局部清洁干燥，避免抓挠或热敷。部分新生儿会出现37.5-38.5℃的低热反应，通常持续1-2天，可通过增加哺乳次数、减少包裹衣物帮助散热。若体温超过38.5℃或持续超过48小时需就医排查。约三成新生儿接种后出现易激惹、睡眠不安等表现，可能与疫苗刺激免疫系统有关，可通过搂抱安抚缓解。
极少数新生儿可能发生过敏性皮疹，表现为全身散在红色丘疹伴瘙痒，需在医生指导下使用氯雷他定糖浆等抗组胺药物。出现面色苍白、呼吸困难等速发型过敏反应需立即送医。接种后72小时内持续39℃以上高热可能提示合并其他感染，需完善血常规检查。疫苗接种相关臂丛神经损伤发生率低于百万分之一，表现为上肢活动受限，需神经科会诊处理。
家长应记录新生儿接种时间，观察48小时内反应变化，保持室内通风和适宜温湿度。哺乳期母亲避免进食海鲜等易致敏食物。接种后24小时不洗澡，避免剧烈摇晃婴儿。若出现异常哭闹无法安抚、拒奶、精神萎靡或抽搐等严重表现，应立即前往儿科急诊。完成全程三针乙肝疫苗接种是预防乙型肝炎病毒感染最有效的方式，后续接种仍需密切观察反应。