胚胎停止发育后可能会自然流产，也可能需要医疗干预。胚胎停育后是否自然排出与孕周、母体凝血功能等因素有关。
孕早期胚胎停育后，部分孕妇会出现阴道流血、下腹坠痛等先兆流产症状，随后胚胎组织可能随妊娠囊一起排出体外，表现为自然流产。这种情况多发生在停育后1-4周内，孕周越小自然流产概率越高。孕8周前的早期流产中，约80%可完全排出妊娠物。
若胚胎停育后2-3周仍未自然排出，可能出现稽留流产。此时妊娠物滞留宫腔可能引发感染、凝血功能障碍等并发症。超声检查显示妊娠囊变形、胎心消失但宫口未开，需通过药物或手术清宫。孕12周后的中期流产更难自然排出，多数需要医疗干预。
确诊胚胎停育后应定期复查血HCG及超声，观察期间避免剧烈运动但可正常活动。若出现发热、大出血或持续腹痛需立即就医。流产后建议休息2周，补充铁剂和优质蛋白，1个月内禁止盆浴和性生活。下次备孕前建议夫妻双方进行染色体、内分泌及免疫学检查，妊娠后需加强早期监测。