甲状腺功能减退症患者可在医生指导下配合使用中药治疗，但无法替代西药激素替代疗法。中药调理主要针对脾肾阳虚、气血不足等证型，需辨证施治。
中药治疗甲状腺功能减退症主要通过补益脾肾、温阳化气改善症状。常用方剂如金匮肾气丸可温补肾阳，适用于畏寒肢冷、腰膝酸软者；右归丸能填精补血，改善头晕耳鸣症状；补中益气汤针对乏力倦怠、食欲不振的脾虚证型。部分中药如黄芪、人参具有免疫调节作用，可能有助于改善甲状腺自身免疫状态。
需注意中药起效较慢，不能快速提升血清甲状腺激素水平。对于甲状腺激素严重缺乏者，必须优先使用左甲状腺素钠片等西药纠正激素不足。中药与西药联用时需间隔2小时服用，避免影响药物吸收。孕妇、儿童等特殊人群使用中药前必须由中医师评估风险。
甲状腺功能减退症患者应定期监测甲状腺功能指标，根据检查结果调整治疗方案。日常需保证碘摄入但避免过量，可适量食用海带、紫菜等含碘食物。注意保暖避免受凉，适度进行八段锦、太极拳等温和运动。保持规律作息，避免过度劳累，合并贫血者可增加动物肝脏、红肉等富含铁元素的食物摄入。出现心悸、多汗等药物过量症状时应及时就医。