新生儿甲低复查通过率通常与筛查假阳性、暂时性甲低、检测误差等因素有关。新生儿甲低筛查可能出现假阳性结果，需通过复查确诊，多数复查可排除异常。
新生儿甲低筛查采用足跟血检测促甲状腺激素水平，初筛阳性可能因采血时间过早、标本污染或检测误差导致。部分新生儿因母体甲状腺抗体转移或早产儿甲状腺功能未成熟，可能出现暂时性甲低，这类情况在复查时激素水平多可恢复正常。真正先天性甲低患儿仅占筛查阳性病例的少数，需通过静脉血甲状腺功能检查确诊。
极少数永久性甲低患儿复查仍显示异常，这类情况多与甲状腺发育不良、激素合成障碍等先天性疾病相关。若复查TSH持续升高并伴有T4降低，需立即开始左甲状腺素钠替代治疗，避免影响智力发育。
家长发现初筛阳性无须过度焦虑，应按医嘱及时复查静脉血甲状腺功能。哺乳期母亲可适当增加海带、紫菜等含碘食物，但避免过量碘摄入。确诊患儿需定期监测甲状腺功能，根据生长发育情况调整药量，多数治疗后患儿体格和智力发育可达正常水平。日常注意观察喂养情况、排便频率及皮肤状态变化，发现嗜睡、喂养困难等症状及时就医。