化脓性膝关节炎可能遗留后遗症，具体与感染控制时机、关节破坏程度等因素相关。主要后遗症包括关节僵硬、慢性疼痛、活动受限、继发性骨关节炎、关节畸形等。
化脓性膝关节炎若未及时治疗或感染严重，关节软骨和周围组织可能被破坏。炎症反应会导致关节腔内纤维蛋白沉积，后期形成粘连，表现为关节屈伸困难。关节面破坏后可能引发异常磨损，逐渐发展为骨关节炎，出现持续性钝痛或活动时疼痛加剧。儿童患者骨骨骺受损可能影响下肢发育，导致长短腿或关节畸形。
早期规范治疗可显著降低后遗症概率。通过足量抗生素控制感染、关节腔引流清除脓液、制动减轻关节压力等措施，能最大限度保护关节功能。康复期进行渐进式关节活动训练和肌肉力量锻炼，有助于恢复关节灵活性。若已出现严重结构损伤，可能需要关节镜清理术或人工关节置换术矫正。
化脓性膝关节炎患者康复期需保持适度关节活动，避免长时间制动导致僵硬加重。可进行游泳、骑自行车等低冲击运动，配合热敷缓解肌肉紧张。日常注意观察关节肿胀、皮温变化，出现异常及时复查。控制体重减轻关节负荷，补充钙和维生素D促进骨骼健康，必要时在医生指导下使用氨基葡萄糖等关节营养补充剂。