柠檬既不上火也不下火，属于中性食物。柠檬含有丰富的维生素C、有机酸等成分，适量食用对健康有益。
柠檬的pH值约为2-3，属于酸性食物，但进入人体后经代谢会生成碱性物质，因此不会导致体内酸碱失衡。其含有的柠檬酸能促进唾液和胃液分泌，有助于消化功能。维生素C含量较高，每100克柠檬约含22-40毫克维生素C，可满足成人每日需求量的三分之一左右。柠檬皮中的挥发油成分具有轻微抗菌作用。由于柠檬酸会刺激胃黏膜，胃肠功能较弱者空腹大量食用可能出现反酸症状。
传统中医理论中，柠檬未被明确归类为寒性或热性食物。其性味偏凉，但功效温和，不具有明显的清热或温补作用。对于阴虚火旺体质者，柠檬水可辅助缓解口干舌燥症状。但柠檬不能替代药物治疗实火或虚火症状。特殊情况下，如口腔溃疡发作期，高浓度柠檬汁可能刺激黏膜产生疼痛感，但这不属于上火表现。
日常食用柠檬建议每日不超过1个，可切片泡水饮用或作为菜肴调味。胃酸过多者应避免空腹食用，饮用柠檬水后建议清水漱口以减少对牙釉质的侵蚀。选择新鲜柠檬时以外皮光滑、色泽鲜亮者为佳，切开后若放置超过8小时维生素C会大量流失。柠檬不宜与牛奶同时食用，其中的果酸会使牛奶中的蛋白质凝固影响消化吸收。对柑橘类水果过敏者应谨慎尝试，初次食用可少量测试是否出现皮肤瘙痒等过敏反应。