电子纤维喉镜检查通常不会产生剧烈疼痛，但可能引起轻度不适或恶心感。检查前会使用表面麻醉剂减轻咽喉敏感度，多数患者可耐受该操作。
电子纤维喉镜采用直径仅3-5毫米的柔性镜体，经鼻腔或口腔进入时会涂抹利多卡因等局部麻醉凝胶。镜体通过咽喉部时可能触发咽反射，表现为短暂干呕或咳嗽，这种生理反应在麻醉剂起效后会明显减弱。检查过程中医生会控制镜体推进速度，并指导患者通过深呼吸放松喉部肌肉，进一步降低不适感。部分敏感体质者可能出现轻微鼻腔酸胀或流泪，这些反应在检查结束后会快速消退。
少数咽喉结构异常或麻醉效果不理想的患者，可能出现较强异物感或呕吐反射。既往有严重咽喉炎、会厌水肿等病变者，镜体接触炎症部位时可能诱发疼痛。儿童及精神高度紧张者因配合度较低，检查难度增加可能导致不适感加剧。这类情况需提前与医生沟通，必要时可采用镇静措施辅助完成检查。
检查前4小时需禁食禁水以避免呕吐风险，术后2小时内暂勿进食以防误吸。术后出现持续咽喉疼痛或声嘶超过24小时应及时复诊。日常可练习腹式呼吸帮助放松喉部肌肉，检查当天建议选择温凉流质饮食，避免辛辣刺激食物加重黏膜刺激。有过敏性鼻炎者提前告知医生，必要时预防性使用抗组胺药物减少鼻腔敏感反应。