扁平疣可通过药物治疗、物理治疗等方式根治，常见方法有外用维A酸乳膏、冷冻治疗、激光治疗等。扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的皮肤良性赘生物，具有传染性，需规范治疗避免复发。
外用药物是扁平疣的常用治疗方法，维A酸乳膏可调节表皮细胞分化，抑制病毒复制，使用时需避光并坚持数周。水杨酸软膏通过角质剥脱作用去除疣体，适用于较薄的皮损。干扰素凝胶能增强局部免疫力，减少复发概率。物理治疗中，冷冻治疗利用液氮低温破坏疣体组织，适合数量较少的疣体，治疗后可能出现水疱但一般不留瘢痕。激光治疗通过精准汽化疣体，对周围正常组织损伤小，适用于顽固性皮损，需由专业医生操作。系统治疗如口服免疫调节剂可用于多发或顽固病例，但需监测肝功能等副作用。光动力疗法联合光敏剂使用特定波长光照，对HPV病毒有选择性杀伤作用，复发率较低但费用较高。治疗期间应避免搔抓皮损，防止自身接种传播，同时保持患处干燥清洁。合并细菌感染时可短期外用莫匹罗星软膏，但不宜长期使用抗生素。
根治扁平疣需坚持规范治疗并配合日常护理，治疗期间避免与他人共用毛巾等物品，防止交叉感染。保持规律作息和均衡饮食有助于增强免疫力，减少复发。皮损完全消退后应继续观察数月，发现新发皮损及时复诊。患者衣物建议单独清洗并用沸水消毒，公共场所注意防护足部避免间接接触感染。若家庭中有多例患者应同时治疗，切断传染链。治疗后遗留色素沉着通常可自行消退，避免自行使用祛斑产品刺激皮肤。