西医治疗扁平疣主要采用药物治疗、物理治疗和免疫治疗等方式，具体方法包括外用维A酸乳膏、水杨酸软膏、冷冻治疗、激光治疗以及干扰素注射等。
扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的皮肤良性赘生物，西医治疗以消除疣体、抑制病毒复制为核心目标。药物治疗中，维A酸乳膏通过调节表皮细胞分化抑制疣体增生，每日睡前薄涂于患处；水杨酸软膏通过角质剥脱作用促使疣体脱落，需持续使用数周。物理治疗方面，冷冻治疗采用液氮使疣体组织坏死脱落，适合数量较少的疣体，可能出现暂时性色素沉着；二氧化碳激光可精准汽化疣体组织，适用于顽固性皮损，术后需保持创面干燥。对于多发或复发性扁平疣，可配合皮下注射重组人干扰素α2b注射液调节局部免疫功能，疗程通常为4-8周。治疗期间应避免搔抓患处，防止病毒自身接种扩散。
除规范治疗外，患者需注意保持皮肤清洁干燥，避免与他人共用毛巾等个人物品，减少公共浴池接触。日常应加强锻炼提高免疫力，多摄入富含维生素A和维生素C的食物如胡萝卜、柑橘类水果，避免熬夜和过度疲劳。若疣体突然增大、出血或颜色改变应及时复诊，治疗期间严格遵医嘱用药，不可自行中断疗程。物理治疗后需做好防晒措施，防止色素沉着，通常3-6个月后皮损可逐渐消退。