CT一般可以检查出部分肠道疾病，如肠梗阻、肠穿孔、肠道肿瘤等。CT检查对肠道炎症、早期息肉等病变的敏感性较低，需结合其他检查综合判断。
CT扫描通过X射线断层成像能清晰显示肠壁增厚、肠腔狭窄或扩张等结构异常。对于急性肠梗阻，CT可快速定位梗阻部位并判断病因，如肿瘤压迫或肠粘连。肠道肿瘤性病变中，CT能评估肿瘤大小、浸润深度及淋巴结转移情况，为分期提供依据。肠穿孔时CT可发现腹腔游离气体及局部渗出，但对克罗恩病等慢性炎症的早期黏膜病变检出率有限。
部分肠道功能性疾病如肠易激综合征无法通过CT直接诊断。微小息肉或平坦型病变可能被漏诊，需依赖肠镜等内窥镜检查。肠道出血点的定位在无活动性出血时CT检出困难，血管造影更具优势。某些特殊感染如肠结核的CT表现缺乏特异性，需结合实验室检查。
怀疑肠道疾病时应根据症状选择检查方式，CT适合急诊排查严重病变，慢性症状建议结合肠镜或胶囊内镜检查。检查前需空腹并按要求服用肠道准备剂，检查后多饮水促进造影剂排泄。日常注意观察排便习惯变化，出现持续腹痛、血便或体重下降应及时就医。