新生儿黄疸换血后一般不会出现后遗症，但极少数情况下可能发生感染、电解质紊乱或贫血等并发症。换血疗法主要用于治疗重度高胆红素血症，可有效降低胆红素水平。
换血疗法通过置换患儿血液快速清除胆红素，多数患儿术后胆红素可降至安全范围。规范操作下不会损伤重要器官，术后需监测生命体征和实验室指标1-3天。术后可能出现短暂血小板减少或低钙血症，通常2-3天内自行恢复。
少数患儿可能因免疫功能低下发生败血症，表现为发热、喂养困难等症状。早产儿或低体重儿更易出现输血相关移植物抗宿主病，需严格辐照血液制品。换血过程中可能发生血栓、心律失常等急症，但现代医疗设备可及时干预。
术后应保持患儿温暖，按需喂养促进胆红素排泄，每日监测皮肤黄染程度。母乳喂养可继续，但需观察有无嗜睡、拒奶等异常。出院后定期复查胆红素和血常规，避免接触感染源。若出现皮肤苍白、呼吸急促等情况需立即就医，多数并发症通过及时处理不会遗留长期影响。