长期艾灸既有潜在危害也有明确益处，主要危害包括皮肤灼伤、过敏反应、体质失衡等，好处则涵盖温经散寒、增强免疫、缓解疼痛等作用。
长期艾灸可能造成局部皮肤红肿、水疱或色素沉着，尤其操作不当或体质敏感者更易发生。部分人群可能出现艾烟刺激呼吸道或过敏症状如瘙痒、皮疹。过度艾灸可能导致阴虚火旺体质者出现口干、失眠等不适。另一方面，艾灸通过热力渗透可改善寒湿型关节痛、痛经等症状，促进血液循环。其调节免疫的功能对反复感冒、慢性疲劳有辅助效果，对胃肠功能紊乱也有缓解作用。
正确操作下艾灸能有效缓解肌肉劳损和慢性炎症疼痛，对风寒湿痹证效果显著。定期艾灸可提升阳气虚弱者的抗病能力，改善手脚冰凉等亚健康状态。但需注意孕妇腹部、糖尿病患者肢体末端等部位禁用，凝血功能障碍者应避免。
进行艾灸时建议选择正规医疗机构，避免空腹或过饱状态下操作，施灸后注意保暖避风，两小时内不宜洗澡。初次艾灸应从短时间、小剂量开始，观察皮肤反应。阴虚体质者每周不超过2次，每次灸后适量饮用温水。出现头晕、心慌等不适立即停止，皮肤破损处禁用艾灸。日常可配合八段锦、太极拳等温和运动增强调理效果，饮食上避免辛辣刺激以免加重体内燥热。