流脑疫苗的接种时间根据疫苗类型不同而有所差异，A群流脑多糖疫苗通常在6-18月龄接种，A+C群流脑多糖疫苗在3周岁和6周岁各接种1剂，ACYW135群流脑多糖疫苗适用于2周岁以上儿童及成人。
流脑疫苗的接种程序主要分为三种类型。A群流脑多糖疫苗基础免疫共2剂次，第1剂在6月龄接种，第2剂间隔3个月接种。A+C群流脑多糖疫苗需要接种2剂次，分别在3周岁和6周岁时各接种1剂。ACYW135群流脑多糖疫苗适用于2周岁以上儿童及成人，基础免疫1剂次，高危人群可每3年加强1次。疫苗接种部位为上臂外侧三角肌附着处皮下注射。接种后需留观30分钟，观察有无过敏反应。接种后可能出现局部红肿、低热等一般反应，通常1-2天可自行缓解。接种禁忌包括发热、急性疾病期、严重慢性疾病急性发作期以及对疫苗成分过敏者。
接种流脑疫苗后应注意保持接种部位清洁干燥，避免抓挠。24小时内不要洗澡，避免剧烈运动。饮食宜清淡，多饮水，注意休息。如出现高热不退、严重过敏反应等异常情况应及时就医。流脑流行季节前完成疫苗接种可获得最佳保护效果。家长应按时带儿童前往正规预防接种门诊接种疫苗，并妥善保管预防接种证。除接种疫苗外，流行季节还应做好个人防护，保持室内通风，避免到人群密集场所，注意个人卫生，勤洗手，增强体质。