药流没干净不清宫可能导致宫腔感染、异常子宫出血、继发不孕等后果。药流不全时，残留的妊娠组织可能引发炎症反应或影响子宫内膜修复。
药流后妊娠组织残留可能刺激子宫内膜持续出血，血液成为细菌培养基，增加宫腔感染风险。感染未控制可能发展为盆腔炎，伴随下腹痛、发热等症状。长期异常出血还可能导致贫血，出现乏力、头晕等表现。残留组织机化后可能形成宫腔粘连，影响受精卵着床，增加继发不孕概率。少数情况下残留组织持续生长，形成胎盘部位滋养细胞肿瘤等疾病。
若残留组织较小且无感染迹象，部分患者可通过药物促进排出。但残留组织超过一定体积或合并感染时，需及时清宫避免病情恶化。清宫可清除残留物并止血，同时取组织送病理检查排除其他病变。未及时处理可能导致感染扩散至输卵管或卵巢，造成永久性生育功能损伤。
药流后应遵医嘱复查超声和血HCG水平，确认宫腔是否干净。出现持续出血超过两周、出血量突然增多、发热或剧烈腹痛时需立即就医。恢复期间避免盆浴和性生活，保持会阴清洁。饮食注意补充铁和蛋白质，如瘦肉、动物肝脏、菠菜等，帮助纠正贫血。适当活动促进宫腔积血排出，但避免剧烈运动。情绪焦虑者可寻求心理疏导，减轻流产后的心理压力。