胎儿先天畸形可能导致自然流产，但并非所有畸形胎儿都会自然流产。胎儿先天畸形可能与染色体异常、母体感染、药物影响等因素有关，具体是否流产需结合畸形类型及母体状况综合评估。
染色体异常是导致胎儿先天畸形并引发自然流产的常见原因。当胚胎存在严重染色体缺陷时，母体可能通过自然淘汰机制终止妊娠，这类流产多发生在孕早期。部分结构畸形如严重心脏发育异常或神经管缺陷，可能随着妊娠进展引发宫内死亡或晚期流产。
某些轻度畸形胎儿可能继续妊娠至足月。例如单纯唇裂或某些肢体畸形，通常不影响胎儿存活，但需出生后手术矫正。母体健康状况也会影响结局，如糖尿病控制不佳可能加重畸形胎儿流产风险，而规范管理可降低概率。
孕前三个月补充叶酸可降低神经管畸形风险，孕期需避免接触放射线及致畸药物。建议所有孕妇规范进行产前筛查，包括NT检查、唐氏筛查及大排畸超声，发现异常应及时咨询遗传学专家。保持均衡饮食与适度运动，控制慢性疾病，定期产检有助于早期发现并干预胎儿发育问题。