大豆异黄酮不能直接治疗闭经，但可能对部分激素相关闭经有辅助调节作用。闭经可能与下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常、多囊卵巢综合征、早发性卵巢功能不全、甲状腺功能紊乱、过度节食等因素有关。
大豆异黄酮作为植物雌激素，其结构与人体雌激素相似，可通过与雌激素受体结合发挥弱雌激素效应。对于因雌激素水平下降引起的闭经，如围绝经期或早发性卵巢功能不全患者，适量补充可能有助于改善潮热、盗汗等低雌激素症状，但对恢复月经周期的作用有限。需注意大豆异黄酮的雌激素活性仅为人体雌激素的千分之一至万分之一，无法替代药物治疗。
病理因素导致的闭经如垂体瘤、宫腔粘连等器质性疾病，或甲状腺功能亢进、糖尿病等代谢性疾病引发的闭经，大豆异黄酮无治疗作用。这类情况需针对原发病进行治疗，如垂体瘤需手术或药物抑制泌乳素分泌，宫腔粘连需宫腔镜分离术。盲目依赖植物雌激素可能延误疾病诊治。
出现闭经应及时就医明确病因，完善性激素六项、甲状腺功能、盆腔超声等检查。日常可保持均衡饮食，适量摄入豆制品、全谷物及深色蔬菜，避免过度节食或剧烈运动。规律作息、减轻压力有助于内分泌调节，但所有干预均需在医生指导下进行，不可自行服用激素类保健品或药物。