怀孕三周左右通常可以进行药物流产，但需在医生严格评估后实施。药物流产适用于妊娠49天内的早期妊娠终止，需排除宫外孕、药物过敏等禁忌证。
药物流产通过米非司酮片联合米索前列醇片实现，米非司酮阻断孕激素受体使胚胎停止发育，米索前列醇促进子宫收缩排出妊娠组织。用药前需经超声确认宫内妊娠及孕周，血常规、凝血功能等检查排除禁忌。用药后需观察阴道出血量及组织排出情况，部分患者可能出现恶心、腹痛等药物反应。
妊娠三周时孕囊可能尚未形成或过小，超声难以明确诊断宫内妊娠，此时盲目用药可能增加流产失败或大出血风险。存在慢性肾上腺皮质功能减退、青光眼、哮喘等基础疾病者禁用药物流产。用药后两周需复查超声确认妊娠组织完全排出，若发生不全流产需及时清宫。
药物流产后应卧床休息1-3天，避免剧烈运动和重体力劳动，保持会阴清洁预防感染。两周内禁止盆浴及性生活，饮食需增加优质蛋白和铁元素摄入，如瘦肉、动物肝脏等帮助恢复。若出现发热、持续腹痛或出血量超过月经量两倍需立即就医。流产后需落实避孕措施，建议间隔6个月以上再计划妊娠。