良性甲状腺囊腺瘤通常无须手术，多数可通过定期复查和药物干预控制。若出现压迫症状、体积增长过快或疑似恶变等情况，则需考虑手术治疗。
甲状腺囊腺瘤为甲状腺内充满液体的囊性结构，生长缓慢且恶变概率低。直径小于3厘米且无压迫症状时，建议每6-12个月复查超声监测变化。临床常用左甲状腺素钠片抑制促甲状腺激素分泌，或使用夏枯草胶囊、小金丸等中成药调节内分泌。超声引导下硬化剂注射可缩小囊腔体积，适用于反复出血的单纯性囊肿。
当肿瘤直径超过4厘米导致呼吸困难、吞咽梗阻等压迫症状，或超声显示实性成分增多、血流信号异常等恶变征象时，需行甲状腺部分切除术或腺叶切除术。妊娠期女性若肿瘤短期内迅速增大，或合并甲亢症状难以药物控制，也需评估手术必要性。术后需长期监测甲状腺功能，必要时补充甲状腺激素。
患者日常应避免颈部受压和电离辐射，限制海带紫菜等高碘食物摄入，保持规律作息和情绪稳定。术后恢复期可适当增加瘦肉、鸡蛋等优质蛋白补充，定期复查甲状腺功能及颈部超声，若出现声音嘶哑、手足麻木等异常需及时就医。