甲状腺功能减退症通常可以控制，但多数需要长期用药维持。治疗效果与病因、治疗时机、药物依从性等因素有关。
甲状腺功能减退症的治疗效果因人而异。原发性甲状腺功能减退症患者通过规范服用左甲状腺素钠片等药物，多数可在1-3个月内使甲状腺激素水平恢复正常。药物剂量需根据定期复查结果调整，维持期可能需持续数年甚至终身。继发性甲状腺功能减退症需同时治疗垂体或下丘脑病变，部分患者在原发病控制后甲状腺功能可逐步恢复。先天性甲状腺功能减退症患儿若在出生后3个月内开始治疗，神经系统发育通常不受明显影响。
极少数甲状腺炎引起的暂时性甲状腺功能减退可能自愈，但需密切监测激素水平。甲状腺切除术后或放射性碘治疗导致的永久性甲状腺功能减退必须终身替代治疗。合并严重心血管疾病或黏液性水肿昏迷的患者预后较差，需住院强化治疗。
甲状腺功能减退症患者应遵医嘱规律用药，避免自行调整剂量。日常需保证碘和硒的适量摄入，可食用海带、鸡蛋、坚果等食物。注意保暖防寒，规律监测体重和心率。每3-6个月复查甲状腺功能，妊娠期患者需增加检测频率。出现嗜睡加重、下肢水肿或心包积液等症状时需及时就医。