手术治疗焦虑症的效果因人而异，通常作为药物和心理治疗无效时的最后选择。手术方式主要有脑深部电刺激术、前扣带回毁损术等，需严格评估适应症和风险。
脑深部电刺激术通过植入电极调节特定脑区活动，适用于难治性焦虑症，可能改善过度警觉和回避行为，但存在出血或感染风险。前扣带回毁损术通过阻断异常神经环路减轻焦虑，对部分患者有效，但可能导致情感淡漠等副作用。手术效果与个体神经生物学特征相关，术后仍需配合药物维持治疗。手术费用较高且医保覆盖有限，需结合经济条件考虑。多数患者术后需3-6个月康复期，期间可能出现头痛或短期记忆障碍。
儿童青少年及轻度焦虑患者不建议手术，存在影响脑发育风险。合并严重躯体疾病或精神分裂症者手术成功率较低。术后症状复发的概率仍存在，需长期随访。某些特定基因型患者对手术反应较差，术前基因检测很有必要。手术对广泛性焦虑效果优于惊恐障碍，对创伤后应激障碍的疗效证据尚不充分。
焦虑症患者日常应保持规律作息，每日进行30分钟有氧运动如快走或游泳，有助于促进内啡肽分泌。饮食上增加富含ω-3脂肪酸的三文鱼、核桃等食物，减少咖啡因摄入。可练习腹式呼吸和正念冥想，每周3-5次，每次20分钟。建立稳定的社交支持系统，参加团体心理辅导课程。避免过度使用镇静药物，定期复查评估病情变化，术后患者需按医嘱进行神经功能康复训练。