新生儿消化不良可在医生指导下使用枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌散、酪酸梭菌活菌散、布拉氏酵母菌散、胃蛋白酶颗粒等药物。新生儿消化不良可能与喂养不当、胃肠功能未完善、乳糖不耐受、肠道菌群失调、感染等因素有关，通常表现为腹胀、吐奶、哭闹不安、排便异常等症状。
1、枯草杆菌二联活菌颗粒
枯草杆菌二联活菌颗粒适用于肠道菌群失调引起的消化不良，可调节肠道微生态平衡。该药物含活菌成分，需用温水冲服避免高温破坏活性。用药期间避免与抗生素同服，可能出现短暂腹胀等轻微反应。家长需观察新生儿排便情况及精神状态变化。
2、双歧杆菌三联活菌散
双歧杆菌三联活菌散用于改善乳糖不耐受或抗生素相关性腹泻伴随的消化不良。药物需冷藏保存，喂食前与37℃以下液体混合。早产儿或低体重儿使用前需医生评估，部分患儿可能出现短暂肠鸣音亢进。家长需记录喂养量与排便频率。
3、酪酸梭菌活菌散
酪酸梭菌活菌散对产气过多型消化不良有效，能抑制有害菌过度繁殖。该药物可与配方奶混合服用，但需避免与含鞣酸的食物同服。用药期间若出现皮疹或呕吐加重需停药。家长需注意新生儿腹部是否柔软、有无肠型显现。
4、布拉氏酵母菌散
布拉氏酵母菌散适用于感染后胃肠功能紊乱，对轮状病毒等引起的消化不良有辅助疗效。该药物耐高温但需避光保存，不可与抗真菌药物联用。早产儿使用需严格遵医嘱，可能引起短暂食欲下降。家长需监测体温及脱水体征。
5、胃蛋白酶颗粒
胃蛋白酶颗粒针对蛋白质消化障碍型消化不良，需餐前用温水溶解后喂服。先天性代谢异常患儿禁用，用药期间可能出现口周红斑。家长需观察呕吐物性状及体重增长情况，避免与碱性食物同服影响药效。
新生儿消化不良期间，家长应保持喂养器具清洁，采用少量多次喂养方式，每次喂奶后竖抱拍嗝15分钟。母乳喂养母亲需避免摄入辛辣刺激食物，人工喂养者可尝试换用低乳糖或水解蛋白配方奶粉。每日可进行3次顺时针腹部按摩，每次5分钟，注意室温维持在26℃左右。若持续48小时未缓解或出现发热、血便、囟门凹陷等表现，须立即就医。