混合喂养可能导致婴儿消化不良，但并非必然发生。消化不良与喂养方式、婴儿体质、乳品选择等因素有关。
母乳与配方奶混合喂养时，若配方奶成分不易消化或冲调比例不当，可能增加婴儿胃肠负担。母乳含有天然消化酶和益生菌，有助于肠道菌群平衡，而部分配方奶中酪蛋白比例较高或添加成分复杂，可能延缓胃排空时间。婴儿肠道发育不完善时，频繁切换母乳与配方奶也可能干扰消化节律。
少数婴儿对乳糖不耐受或牛奶蛋白过敏，混合喂养可能诱发腹泻、胀气等症状。早产儿或低体重儿因消化酶分泌不足，更易出现喂养不耐受。若母亲饮食中摄入过多刺激性食物，通过母乳传递给婴儿后，叠加配方奶的消化压力，可能加重不适。
建议混合喂养时优先选择部分水解蛋白配方奶，减少酪蛋白比例；每次喂养先喂母乳再补充配方奶，避免突然切换；观察婴儿排便性状与频率，出现持续水样便、血便或哭闹拒食需及时就医。哺乳期母亲应保持饮食清淡，限制辛辣、高糖及易致敏食物摄入。可定期进行婴儿抚触促进肠蠕动，喂养后竖抱拍嗝10-15分钟。若需更换奶粉品牌，应遵循逐日递增比例的过渡原则，通常需要3-5天适应期。