宝宝灌肠可能引起肠道黏膜损伤、电解质紊乱、肠道菌群失调等副作用。灌肠操作需严格遵医嘱，避免自行操作。
灌肠过程中若操作不当或频繁进行，可能刺激宝宝娇嫩的肠道黏膜，导致局部充血或微小裂伤，表现为排便时少量血丝。早产儿或低体重儿因肠壁更薄弱，风险相对更高。使用高渗溶液灌肠时可能引发体内钠、钾等电解质异常流失，出现精神萎靡、肌张力减低等症状，需及时监测血液生化指标。反复灌肠会破坏肠道正常菌群平衡，可能诱发腹泻或便秘交替出现，部分宝宝可能出现腹胀、哭闹不安等不适反应。
先天性巨结肠患儿需长期依赖灌肠时，可能因机械刺激导致直肠敏感性下降。严重过敏体质宝宝对灌肠液成分过敏时，可能出现皮肤荨麻疹或肛门周围红肿。灌肠器具消毒不彻底可能引起逆行感染，尤其是免疫功能低下的婴幼儿。极少数情况下，粗暴操作可能导致肠穿孔，表现为突发腹痛、腹肌紧张，需立即就医处理。
家长应避免自行给宝宝灌肠，必须操作时需使用专用儿童灌肠器，液体温度保持在36-38摄氏度，灌注速度不超过每分钟5毫升。灌肠后注意观察宝宝精神状态、排便情况及肛门周围皮肤状态，出现异常立即停止操作并就医。日常可通过腹部按摩、补充益生菌等方式帮助宝宝建立规律排便习惯，减少灌肠需求。哺乳期母亲适当增加膳食纤维摄入，有助于改善母乳喂养宝宝的肠道功能。