肥厚型梗阻性心肌病通常需要长期治疗管理，多数患者可通过药物控制症状，少数需手术干预。
肥厚型梗阻性心肌病的治疗以缓解症状和预防并发症为主。β受体阻滞剂如美托洛尔缓释片、比索洛尔片可降低心肌耗氧量，减轻左心室流出道梗阻。钙通道阻滞剂如地尔硫卓缓释胶囊能改善心肌舒张功能。对于药物控制不佳者，可考虑室间隔切除术或酒精室间隔消融术。合并心律失常者可能需要植入心脏复律除颤器。患者需定期复查心脏超声和动态心电图评估病情进展。
部分患者病情进展迅速，药物难以控制心力衰竭症状，需早期评估手术指征。严重左心室流出道梗阻合并晕厥或心源性猝死高风险者，可能需行室间隔心肌切除术。晚期出现难治性心力衰竭时，心脏移植可能是最终选择。妊娠、剧烈运动等特殊情况下需个体化调整治疗方案。
肥厚型梗阻性心肌病患者应避免剧烈运动和竞技性体育活动，保持规律作息，限制钠盐摄入。建议戒烟限酒，控制血压和体重，定期监测心电图变化。出现胸闷、晕厥等症状加重时需及时就医调整治疗方案。遗传咨询对家族性病例尤为重要，直系亲属应进行心脏筛查。