月经第12天卵泡直径0.9厘米时怀孕属于非典型情况，可能与排卵周期异常或监测误差有关。卵泡发育迟缓、多囊卵巢综合征、内分泌紊乱等因素可能导致此类现象。
正常情况下，月经周期第12天卵泡直径应达到1.2-1.8厘米，0.9厘米的卵泡尚未成熟。但存在个体差异，部分女性卵泡生长速度较慢，可能在后续几天突然发育成熟并排卵。超声监测可能存在测量误差，不同切面测量结果可能有差异。多囊卵巢综合征患者常表现为小卵泡增多且发育缓慢，可能伴随月经稀发或高雄激素症状。黄体生成素水平异常升高可能诱发未成熟卵泡提前破裂排卵。
极少数情况下，卵巢储备功能下降的女性可能出现小卵泡排卵现象，这类人群往往伴随月经周期缩短或生育力降低。某些促排卵药物如枸橼酸氯米芬可能改变卵泡生长规律，导致非常规排卵。盆腔炎症或子宫内膜异位症可能干扰超声监测准确性，造成卵泡大小误判。
建议完善性激素六项、抗苗勒管激素检测评估卵巢功能，通过连续超声监测确认卵泡发育情况。妊娠后需加强孕酮水平监测，必要时进行黄体支持治疗。保持规律作息，避免精神紧张，每日补充400微克叶酸。若既往存在月经周期紊乱或生育困难史，应及时向生殖专科医生咨询，根据具体情况制定个体化产检方案。