初生婴儿一般可以在医生指导下服用益生菌制剂。益生菌有助于调节肠道菌群平衡，但需严格遵医嘱选择适合新生儿的产品。
新生儿肠道菌群处于建立阶段，适当补充特定菌株的益生菌可能帮助预防腹泻或缓解乳糖不耐受症状。临床常用的婴儿益生菌包括双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等，这些制剂需根据婴儿体重和月龄调整用量。部分特殊配方奶粉已添加益生菌成分，无须额外补充。早产儿或免疫力低下婴儿使用益生菌前必须经儿科医生评估，避免引发菌血症等风险。冲泡益生菌时应使用40℃以下温水，与抗生素服用需间隔2小时以上。
极少数情况下，免疫功能缺陷或严重肠道疾病的婴儿可能禁用益生菌。先天性短肠综合征、中心静脉置管患儿使用益生菌可能增加感染风险。若婴儿出现服用后呕吐、血便或持续哭闹等情况需立即停用并就医。市售成人益生菌产品含菌量过高或含不适合婴儿的菌株，严禁给新生儿使用。母乳喂养的健康足月儿通常无须额外补充益生菌，母乳中的低聚糖已能促进有益菌生长。
家长应注意观察婴儿排便次数和性状变化，记录服用益生菌前后的差异。保持喂养器具清洁消毒，冲泡后半小时内服用完毕。优先选择标注新生儿适用且菌株明确的药品级益生菌，避免选择含蔗糖、香精的固体饮料类产品。母乳喂养期间母亲可同步补充益生菌，通过乳汁传递有益成分。若婴儿存在持续性腹胀、血便或体重增长缓慢，应及时就诊排查器质性疾病，而非依赖益生菌调节。