肺部真菌感染通常可以治好，但具体治疗效果与感染类型、患者免疫状态及治疗时机有关。常见致病真菌包括念珠菌、曲霉菌、隐球菌等，需通过抗真菌药物规范治疗。
肺部真菌感染的治疗效果与真菌种类密切相关。念珠菌感染多发生于免疫力低下人群，如长期使用抗生素或糖皮质激素者，临床表现为咳嗽、发热、胸痛，可采用氟康唑注射液、伏立康唑片、卡泊芬净注射液等药物。曲霉菌感染常见于慢性肺部疾病患者，症状包括咯血、呼吸困难，治疗首选伏立康唑，备选两性霉素B脂质体或伊曲康唑胶囊。隐球菌感染多见于艾滋病等免疫缺陷患者，表现为渐进性咳嗽、头痛，需长期服用氟胞嘧啶片联合两性霉素B治疗。
部分特殊类型真菌感染如毛霉菌病进展迅速，病死率高，需早期联合两性霉素B与手术清创。免疫功能正常者的局限性肺真菌感染预后较好，而播散性感染或合并基础疾病者可能需延长疗程。治疗期间应定期复查胸部CT与真菌培养，评估药物疗效与副作用。合并糖尿病的患者需严格控制血糖，使用免疫抑制剂者需调整用药方案。
肺部真菌感染患者治疗期间需保持充足营养摄入，适当补充优质蛋白与维生素，避免生冷食物。注意口腔清洁，居住环境保持通风干燥，减少霉菌滋生。恢复期可进行散步等低强度运动，但需避免剧烈活动。若出现药物不良反应如肝功能异常、皮疹等应及时就医调整用药，切勿自行停药。免疫功能低下者需定期复查，预防复发。