真菌肺炎的治疗周期通常为2-8周，具体时间与感染菌种、患者免疫状态及治疗依从性有关。常见致病菌包括念珠菌、曲霉菌等，需通过抗真菌药物规范治疗。
轻中度真菌肺炎患者若免疫功能正常，经氟康唑注射液、伏立康唑片等药物治疗后，症状多在2-4周缓解。影像学改善需3-6周，此时仍需完成全程用药以防复发。对于合并糖尿病、长期使用免疫抑制剂的重症患者，治疗周期可能延长至6-8周，需联合两性霉素B脂质体等强效药物。治疗期间应每周监测肝肾功能，若出现伊曲康唑口服液引起的胃肠道反应，需及时调整用药方案。
真菌肺炎康复期需保持居所通风干燥，避免接触霉变物品；每日摄入30克优质蛋白如鸡蛋、鱼肉帮助修复肺组织；合并基础疾病者需严格控制血糖或免疫抑制剂用量。治疗结束后3个月内应复查胸部CT，出现反复咳嗽、低热时须警惕复发可能。不建议自行服用抗真菌药物，所有治疗方案均需在呼吸科医师指导下制定。