三氧治疗脑血栓可能引起轻微头痛、乏力等副作用，严重时可能出现过敏反应或气栓。三氧治疗是通过将医用臭氧与血液混合后回输，改善脑组织缺氧状态的一种辅助疗法。
三氧治疗过程中，部分患者会出现短暂性头痛，多与治疗时血液流速变化有关，通常休息后可自行缓解。乏力感常见于初次接受治疗者，可能与机体对臭氧的应激反应相关，持续2-3天会逐渐消失。少数患者可能出现皮肤瘙痒、红斑等过敏表现，需立即停止治疗并使用抗组胺药物如氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等。极个别情况下，若操作不当导致气体未充分溶解，可能形成气栓引发胸闷或呼吸困难，此时须采取左侧卧位并紧急医疗干预。治疗期间定期监测血氧饱和度、凝血功能等指标，可降低相关风险。
接受三氧治疗期间应保持充足水分摄入，避免剧烈运动加重头晕症状；治疗前后24小时内禁止饮酒或服用抗凝药物；日常注意观察皮肤黏膜有无出血点，若出现视物模糊、持续呕吐等神经系统症状需即刻就医。建议选择具有正规资质的医疗机构进行操作，治疗前需完善血液检查、心电图等评估，合并严重心肺功能不全、甲状腺功能亢进或葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症患者禁用该疗法。