内镜下肠息肉切除存在一定风险，但整体安全性较高。主要风险包括出血、穿孔、感染、麻醉相关并发症及息肉残留。
内镜下肠息肉切除的常见风险中，出血多发生于术后24小时内，表现为便血或黑便，通常可通过内镜止血处理。穿孔概率较低，但若发生需紧急手术修补，可能与操作技术或息肉基底较宽有关。感染风险与肠道准备不充分或器械消毒不严相关，术后可能出现发热或腹痛。麻醉并发症包括呼吸抑制或过敏反应，术前评估可降低发生概率。息肉残留多见于较大或多发性息肉，需定期复查以确认切除效果。
少数情况下可能出现肠道黏膜损伤、心血管事件或气体栓塞等罕见并发症。黏膜损伤通常可自愈，心血管事件多见于基础疾病患者，气体栓塞与操作中注气过多有关。这些情况需由经验丰富的内镜医师操作，并配备急救措施以应对突发状况。
为降低内镜下肠息肉切除风险，建议术前完善心电图、凝血功能等检查，严格遵循禁食要求；术后24小时内避免剧烈运动，观察有无腹痛、呕血等异常症状，饮食从流质逐步过渡至正常，两周内忌烟酒及辛辣食物。若出现持续发热、剧烈腹痛或大量便血，需立即就医。定期肠镜随访可及时发现复发或新发息肉，尤其对于腺瘤性息肉患者。