牙齿矫正可能存在牙龈萎缩、牙根吸收、牙齿松动等危害，但多数情况下可通过规范操作和护理避免。矫正过程中需严格遵循医嘱，定期复查。
牙齿矫正过程中，牙龈萎缩是较为常见的现象，主要由于矫治器长期压迫牙龈组织导致。轻度牙龈萎缩表现为牙龈边缘轻微退缩，可通过加强口腔清洁和使用软毛牙刷缓解。中重度萎缩可能出现牙根暴露，需及时调整矫治力度并配合牙龈按摩。牙根吸收多发生在矫正力度过大或个体敏感性较高时，早期通过X光检查可发现牙根尖端变短。轻度吸收通常不影响牙齿功能，严重吸收需立即停止矫正并接受生物材料填充治疗。牙齿松动属于矫正过程中的生理性反应，当牙齿在牙槽骨内移动时会出现1-2毫米的生理动度。若松动超过3毫米或伴随疼痛，可能提示牙周炎症，需进行牙周固定和抗感染治疗。
特殊情况下可能出现颞下颌关节紊乱，表现为张口弹响或咀嚼疼痛，这与矫正方案设计不当或咬合关系未同步调整有关。关节盘移位患者需配合咬合板治疗。过敏体质者可能对金属托槽中的镍元素产生接触性口炎，表现为口腔黏膜充血糜烂，更换陶瓷托槽或使用抗过敏漱口水可改善。极少数患者矫正后出现复发，这与未按时佩戴保持器或舌体位置异常有关，二次矫正时需结合肌功能训练。
牙齿矫正期间应保持每日三次巴氏刷牙法清洁，使用冲牙器和牙线清除托槽周围食物残渣。避免啃咬硬物防止托槽脱落，限制碳酸饮料预防牙釉质脱矿。每餐后使用含氟漱口水，定期进行专业洁牙去除牙结石。矫正结束后需按医嘱佩戴保持器12-24个月，第一年全天佩戴，第二年逐步改为夜间佩戴。出现托槽刮伤口腔黏膜时可使用正畸保护蜡覆盖锐边，若发生矫治器部件脱落或钢丝扎嘴应及时复诊处理。建立均衡的饮食结构，保证钙磷维生素D摄入有助于牙槽骨改建。