会厌囊肿手术风险通常较低，但需根据囊肿大小、位置及患者基础健康状况综合评估。手术多在喉镜下完成，属于微创操作。
会厌囊肿手术通常采用支撑喉镜下激光或低温等离子切除，创伤小且恢复快。术中可能因囊肿位置靠近声门或血管，存在短暂出血或喉部水肿风险，但通过精细操作可有效控制。术后可能出现短暂咽痛、吞咽不适，一般1-2周内缓解。对于合并糖尿病、凝血功能障碍等基础疾病者，需提前调整身体状态以降低风险。麻醉风险与常规全麻手术相当，术前麻醉评估可进一步规避。
极少数情况下，若囊肿巨大压迫气道或合并感染，可能增加术中呼吸困难或术后感染概率。囊肿位置特殊如累及杓会厌襞时，操作难度略增，但经验丰富的耳鼻喉科医生能妥善处理。术后复发概率不足5%，定期复查可早期发现异常。
术后建议保持口腔清洁，使用生理盐水漱口；2周内避免辛辣刺激食物及剧烈咳嗽；睡眠时可垫高枕头减轻喉部水肿。出现持续发热、呼吸困难或大量出血需立即返院检查。日常需戒烟酒，预防上呼吸道感染，定期喉镜复查监测恢复情况。