甲亢合并其他疾病时通常需要继续使用治疗甲亢的药物，但需根据具体合并疾病类型调整用药方案。主要影响因素有合并心血管疾病、肝肾疾病、妊娠状态、药物相互作用及甲亢病情控制情况。
甲亢患者若合并高血压或心律失常等心血管疾病，需在维持抗甲状腺药物如甲巯咪唑片或丙硫氧嘧啶片的同时，配合使用β受体阻滞剂普萘洛尔片控制心率。此时需监测心电图和血压，避免抗甲状腺药物导致白细胞减少加重心血管负担。
合并慢性肾病或肝功能异常时，丙硫氧嘧啶片可能优于甲巯咪唑片，因后者经肝脏代谢比例更高。但需根据肌酐清除率调整剂量，严重肝肾衰竭患者可能需要减少剂量或短期停用，此时可考虑放射性碘治疗替代。
妊娠期甲亢应坚持使用丙硫氧嘧啶片，尤其在妊娠早期，该药胎盘透过率较低。但需将游离甲状腺素维持在正常上限，避免过度治疗导致胎儿甲减，同时每四周复查甲状腺功能。
当合并使用华法林、地高辛等药物时，抗甲状腺药物可能改变其代谢，需调整剂量。例如甲巯咪唑会增强华法林抗凝效果，应增加凝血酶原时间监测频率。
对于甲状腺危象合并感染等急重症，需加大抗甲状腺药物剂量并联合糖皮质激素，同时治疗原发感染。待危象控制后逐步减量，避免突然停药诱发反跳。
甲亢合并其他疾病患者应保持低碘饮食，避免海带紫菜等高碘食物；保证优质蛋白摄入如鸡蛋清、鱼肉等，每日热量摄入应比正常需求增加；合并骨质疏松者需补充钙剂和维生素D；规律监测晨起静息心率及体重变化；所有药物调整均需在内分泌科医生指导下进行，禁止自行增减药量；合并用药期间出现皮疹、关节痛或黄疸等不良反应需立即就医。