宝宝半夜体温39摄氏度属于高热，存在一定危险性，需及时采取退热措施并密切观察。高热可能由感染、免疫反应等因素引起，若伴随精神萎靡、呕吐等症状需立即就医。
婴幼儿体温调节功能不完善，体温超过38.5摄氏度即需干预。39摄氏度高热可能加速水分流失，诱发热性惊厥，表现为四肢抽搐、意识丧失。多数情况下，口服对乙酰氨基酚混悬滴剂或布洛芬混悬液可有效降温，同时配合温水擦浴物理降温。若发热持续超过24小时，或出现拒食、皮疹、呼吸急促等症状，提示可能存在细菌感染、幼儿急疹、尿路感染等疾病。部分患儿高热时可能出现脱水症状，如尿量减少、口唇干裂，需补充口服补液盐溶液。
少数情况下，高热可能由脑膜炎、脓毒血症等严重疾病引起，患儿会出现颈部僵硬、皮肤瘀斑、嗜睡等危重表现。早产儿、先天性免疫缺陷患儿及3个月以下婴儿出现高热时，病情进展风险更高，须立即急诊处理。疫苗接种后出现的发热通常48小时内自行缓解，但若体温超过40摄氏度或持续不退需医疗评估。
家长应保持室内通风，给宝宝穿着轻薄透气的棉质衣物，每2小时监测一次体温并记录变化趋势。发热期间可少量多次喂食母乳或温水，避免一次性大量饮水引发呕吐。退热后仍要观察72小时，注意有无咳嗽、腹泻等新发表现。未明确病因前不建议使用抗生素，物理降温无效或体温反复升高时，应携带近期体温记录及用药情况至儿科急诊。日常需注意手部卫生，避免与发热患者密切接触，按时完成疫苗接种可预防部分感染性疾病。