心脏射频消融术的风险程度与患者个体情况相关，多数情况下属于微创安全手术，少数复杂病例可能出现并发症。
心脏射频消融术通过导管释放射频能量精准破坏异常电信号通路，手术创伤小且恢复快。术中采用三维标测系统实时导航，可降低操作风险。术后卧床6-12小时即可下床活动，3-5天能恢复日常活动。该技术对房室结折返性心动过速等简单心律失常治愈率较高。
存在心脏结构异常、多支血管病变或凝血功能障碍的患者风险相对增加。术中可能发生血管损伤、心脏穿孔等机械并发症，概率较低。术后早期可能出现房室传导阻滞需临时起搏，极少数需永久起搏器植入。对比开胸手术，其严重并发症发生率显著降低。
术后应避免剧烈运动1-2周，遵医嘱服用抗凝药物3-6个月。定期进行24小时动态心电图监测，保持低盐低脂饮食，控制血压血糖在正常范围。出现心悸加重或持续胸痛需立即复查，术后1个月、3个月、6个月需门诊随访评估手术效果。