牙齿咬合疼是否自愈需根据病因决定，轻微牙龈炎或牙齿敏感可能自行缓解，但龋齿、牙髓炎等疾病通常需要治疗。
牙齿咬合疼可能与牙龈炎有关，牙龈受到刺激后出现红肿疼痛，通过加强口腔清洁、使用软毛牙刷和漱口水，症状可能逐渐减轻。牙齿敏感也可能导致咬合疼，牙釉质磨损或牙龈退缩使牙本质暴露，避免冷热刺激和使用抗敏感牙膏有助于缓解症状。
龋齿引起的咬合疼通常不会自愈，细菌侵蚀牙体形成龋洞，可能伴随冷热刺激痛或食物嵌塞，需通过补牙或根管治疗修复。牙髓炎会导致持续性咬合疼，牙髓组织感染引发剧烈疼痛，可能放射至头部或耳部，需进行根管治疗或拔牙。牙周炎可能造成牙齿松动和咬合疼，牙槽骨吸收导致牙齿支持力下降，需通过龈下刮治或牙周手术控制炎症。
出现牙齿咬合疼应避免咀嚼硬物，使用含氟牙膏和牙线维护口腔卫生，定期检查牙齿健康状况。若疼痛持续超过3天或伴随牙龈出血、牙齿松动，需及时就医排查龋齿、牙髓炎等疾病，延误治疗可能导致牙齿缺失或感染扩散。夜间磨牙者可佩戴咬合垫减少牙齿磨损，日常饮食减少酸性食物摄入以保护牙釉质。