扁桃体切除手术通常安全性较高，但可能存在术后出血、感染等短期风险，长期影响较小。手术需严格遵循适应症，由专业医生评估后实施。
扁桃体切除术后短期内可能出现创面渗血或继发感染，表现为咽痛加剧、发热或吞咽困难。术中若损伤周围组织可能引起短暂发音异常，多数在1-2周内恢复。全身麻醉可能导致恶心呕吐等反应，儿童更需注意呼吸道管理。极少数情况下，瘢痕增生可能影响咽部异物感，但不会降低免疫功能。现代低温等离子等微创技术已显著减少组织损伤概率。
免疫功能正常的患者术后出现免疫力下降的概率极低，扁桃体作为次级免疫器官的功能可由其他淋巴组织代偿。慢性病患者或特殊体质人群需警惕创面愈合延迟，糖尿病患者应加强血糖监测。术前未控制的炎症可能增加术后出血风险，需通过抗生素预处理降低并发症概率。罕见情况下，术后可能发生颈深部感染或中耳气压伤，需立即医疗干预。
术后应保持口腔清洁，使用生理盐水漱口每日3-4次，避免剧烈咳嗽或用力擤鼻。饮食从流质逐渐过渡到软食，禁止摄入过热、辛辣或坚硬食物2周。观察有无新鲜出血或持续高热，睡眠时适当抬高床头。恢复期建议休养7-10天，儿童需家长监督避免剧烈运动。定期复查可评估创面愈合情况，出现异常肿胀或呼吸困难需急诊处理。长期来看，合理的手术指征下切除病变扁桃体可显著改善反复感染或睡眠呼吸暂停等问题。