宫外孕患者自然流产通常需要根据具体情况决定是否手术，若出现输卵管破裂或大出血需紧急手术干预，未发生严重并发症时可尝试药物保守治疗。
宫外孕自然流产时，若血绒毛膜促性腺激素水平持续下降且无腹腔内出血表现，可采用甲氨蝶呤注射液进行药物杀胚治疗，配合米非司酮片拮抗孕激素，并定期监测血常规和超声检查。当输卵管妊娠包块直径小于3厘米且血流动力学稳定时，保守治疗成功率较高，但若突发剧烈腹痛伴血压下降，需立即行腹腔镜下输卵管切除术或输卵管开窗术，避免失血性休克危及生命。
部分特殊情况下，如卵巢妊娠或宫颈妊娠自然流产后残留组织较少，经阴道超声确认无活跃出血时，可暂行观察。但既往有异位妊娠病史或对侧输卵管缺如者，即使自然流产后也建议手术清除病灶，以保留生育功能。对于Rh阴性血型患者，流产后72小时内还需注射抗D免疫球蛋白预防致敏。
宫外孕自然流产后应绝对卧床休息2周，避免增加腹压动作，每日监测体温和阴道流血量，术后1周复查血绒毛膜促性腺激素至正常范围，3个月内禁止盆浴和性生活，饮食上增加动物肝脏、瘦肉等富含铁元素食物，预防贫血，6个月后再孕前需进行输卵管造影评估。出现头晕乏力、肛门坠胀感等不适需立即返院检查。