二次根管治疗可能对牙齿造成牙体脆弱、根尖周炎症、牙根折裂等危害，但规范操作可降低风险。二次根管治疗适用于初次治疗失败或复发感染的患牙，需由专业医生评估后实施。
二次根管治疗需去除原有充填物并扩大根管，可能削弱牙体结构，导致牙齿抗折性下降。治疗过程中器械可能超出根尖孔，刺激根尖周组织引发肿胀或疼痛。若根管清理不彻底，残留细菌可能导致持续性感染或根尖囊肿。部分患牙因根管钙化或形态复杂，治疗难度增加，可能需配合显微根管技术。原有修复体拆除时可能造成牙体缺损，需重新冠修复保护。
少数情况下，根管侧穿或器械分离等并发症可能影响预后，需通过锥形束CT评估后处理。糖尿病患者或免疫力低下者更易发生术后感染。牙根发育未完成的年轻恒牙二次治疗成功率较低。若根尖病变范围过大或牙周支持组织严重破坏，可能需拔除患牙。
接受二次根管治疗后应避免用患牙咬硬物，定期口腔检查监测愈合情况。保持良好的口腔卫生习惯，使用含氟牙膏及牙线清洁。术后出现持续疼痛或咬合不适需及时复诊。治疗完成后建议尽早进行全冠修复，分散咬合力保护牙体。吸烟者应戒烟以促进根尖周组织修复，控制全身性疾病如糖尿病也有助于提高治疗成功率。