厌氧菌阴道炎通常好治，多数患者经过规范治疗可痊愈。治疗方式主要有甲硝唑栓、克林霉素软膏、口服替硝唑片、乳酸菌阴道胶囊、中药熏洗等。
1、甲硝唑栓
甲硝唑栓可直接作用于阴道局部，抑制厌氧菌生长。适用于细菌性阴道病合并厌氧菌感染，可能出现白带增多伴鱼腥味。使用期间需避免性生活，孕妇禁用。
2、克林霉素软膏
克林霉素软膏通过干扰细菌蛋白质合成起效，对脆弱拟杆菌等厌氧菌有效。常见外阴瘙痒、灼热感症状者适用，哺乳期女性慎用。
3、口服替硝唑片
替硝唑片全身给药可清除消化道和生殖道厌氧菌，适用于混合感染或反复发作者。可能引起头痛、金属味等不良反应，用药期间禁酒。
4、乳酸菌阴道胶囊
乳酸菌阴道胶囊可恢复阴道微生态平衡，作为辅助治疗预防复发。适用于治疗后期的菌群调节，无明显副作用。
5、中药熏洗
苦参、黄柏等中药煎汤熏洗能清热燥湿，缓解外阴不适。适合轻度感染或药物过敏者，需配合其他治疗使用。
治疗期间应保持外阴清洁干燥，避免穿紧身化纤内裤，每日更换纯棉内裤并用开水烫洗。饮食上减少辛辣刺激食物摄入，适量补充含益生菌的酸奶。治疗后3个月经周期后需复查白带常规，确认无复发迹象。伴侣无须常规治疗，但反复感染者建议伴侣同步检查。