怀孕39天通常可以进行药物流产，但需经专业医生评估确认孕囊位置及大小符合条件。药物流产适用于停经49天内的宫内妊娠，需排除宫外孕、药物禁忌等情况。
药物流产通过米非司酮片与米索前列醇片联合使用终止妊娠，前者阻断孕激素作用使胚胎停止发育，后者促进子宫收缩排出孕囊。用药前需超声确认孕囊位于宫腔内且直径小于特定数值，同时需完善血常规、凝血功能等检查排除贫血、感染风险。用药后需观察阴道出血量及腹痛情况，部分患者可能出现恶心、头晕等药物反应，出血时间一般持续1-3周。完全流产率可达较高水平，但存在不全流产需清宫的可能，术后需复查超声确认宫腔无残留。药物流产可能导致月经周期暂时紊乱，2-3个月经周期后多可恢复正常。
药物流产后需卧床休息2-3天，避免剧烈运动及重体力劳动，保持会阴清洁干燥，每日用温水清洗外阴，2周内禁止盆浴、游泳及性生活。饮食上多摄入富含优质蛋白的鱼肉、鸡蛋及含铁丰富的动物肝脏，搭配新鲜蔬菜水果补充维生素，避免生冷辛辣刺激食物。观察出血量变化，若出血超过月经量或持续3周未净，伴随发热、剧烈下腹痛需及时返院检查。流产后1个月需复查超声及HCG水平，期间采取可靠避孕措施，建议至少间隔6个月再计划妊娠。