脑血栓通常可以通过磁共振检查出来。磁共振成像对脑血栓的诊断具有较高敏感性，尤其是弥散加权成像序列能在发病后数分钟内检出缺血病灶。
磁共振检查脑血栓主要依靠DWI序列和ADC图，发病2小时内即可显示细胞毒性水肿导致的高信号，准确率超过90%。常规T1WI、T2WI序列在超急性期敏感性较低，但发病6小时后随着血管源性水肿出现，病灶显示逐渐清晰。磁共振血管成像能同步评估血管狭窄或闭塞情况，灌注加权成像可明确缺血半暗带范围。对于后循环梗死和小腔隙灶，磁共振检出率显著优于CT检查。
少数情况下，超早期微小血栓或脑干微小梗死灶可能在磁共振上显示不清，需结合临床表现判断。磁敏感加权成像对静脉窦血栓有独特诊断价值，但需注意磁共振对钙化灶不敏感。对于装有心脏起搏器等金属植入物的患者，磁共振检查存在禁忌。
确诊脑血栓后应保持低盐低脂饮食，每日饮水不少于1500毫升，遵医嘱服用阿司匹林肠溶片、阿托伐他汀钙片等药物。定期监测血压血糖，避免长时间保持同一姿势，康复期可在专业指导下进行肢体功能训练。出现言语障碍或肢体无力加重时需立即就医。