肾上囊肿多数情况下没有危险，属于良性病变。少数情况下可能因囊肿增大或感染导致肾功能损害。
肾上囊肿通常指肾脏皮质或髓质出现的囊性病变，多为单纯性肾囊肿。单纯性肾囊肿生长缓慢，体积较小时不会压迫周围组织，也不会影响肾功能。这类囊肿多为体检时偶然发现，患者通常无腰痛、血尿等症状，仅需定期复查超声监测变化。
当肾上囊肿直径超过5厘米或位置特殊时，可能压迫肾实质或输尿管，导致腰部胀痛、排尿困难甚至高血压。囊肿合并感染时会出现发热、脓尿等表现，需抗感染治疗。极少数情况下囊肿可能恶变或破裂出血，但概率极低。
发现肾上囊肿后应每6-12个月复查肾脏超声，观察囊肿大小及形态变化。日常避免剧烈运动或腹部撞击，防止囊肿破裂。保持每日饮水量2000毫升以上，限制高盐高脂饮食。若出现持续腰痛、血尿、发热等症状需及时就诊泌尿外科，必要时行CT检查评估囊肿性质。