低分化肠癌的治疗效果与疾病分期、患者身体状况等因素相关，早期发现并规范治疗可能获得较好预后，但晚期治愈率较低。
低分化肠癌属于恶性程度较高的肿瘤类型，癌细胞分化程度低意味着生长速度快、侵袭性强。对于局限在肠壁内的早期低分化肠癌，通过根治性手术切除联合术后辅助化疗，部分患者可能实现长期生存。手术方式包括腹腔镜肠癌根治术或开腹手术，术后常用奥沙利铂联合卡培他滨等化疗方案。若肿瘤已侵犯浆膜层或存在淋巴结转移，需扩大手术范围并延长化疗周期，此时治愈概率会明显下降。对于出现肝、肺等远处转移的晚期患者，治疗目标转为延长生存期和缓解症状，可采用靶向药物如西妥昔单抗联合化疗，但完全治愈的可能性极低。
少数患者因基因检测发现微卫星高度不稳定性，可能对免疫检查点抑制剂如帕博利珠单抗产生显著应答，这类病例存在获得长期生存甚至临床治愈的机会。但多数低分化肠癌对传统放化疗敏感性较差，容易复发转移，需密切随访监测。肿瘤原发部位、患者年龄及基础疾病也会影响治疗效果，例如直肠低分化癌比结肠癌局部复发率更高，年老体弱者难以耐受强化疗。
低分化肠癌患者应定期复查肿瘤标志物和影像学检查，术后两年内每3个月随访一次。饮食上需保证高蛋白、高热量摄入，适量补充维生素D和膳食纤维，避免辛辣刺激性食物。根据体力状况进行散步、太极拳等低强度运动，保持规律作息。心理方面可通过加入患者互助团体缓解焦虑，家属需关注患者情绪变化。若出现便血、消瘦或腹痛加重等症状应立即就医，晚期疼痛管理可遵医嘱使用盐酸羟考酮缓释片等镇痛药物。治疗期间注意预防感染，避免到人群密集场所，出现发热需及时血常规检查。