长期不当使用隐形眼镜可能对角膜、结膜等眼部组织造成损害，主要风险包括角膜缺氧、感染性角膜炎、干眼症、角膜新生血管及机械性损伤。
角膜缺氧是佩戴隐形眼镜最常见的危害。隐形眼镜直接覆盖角膜表面，可能阻碍角膜与外界氧气交换。长时间佩戴或透氧性差的镜片会导致角膜水肿、上皮细胞脱落，表现为视物模糊、眼部充血。日抛型镜片透氧性通常优于月抛型，但仍建议每日佩戴不超过8小时。
感染性角膜炎风险随佩戴时间延长而增加。镜片清洁不当或护理液污染可能引入细菌、真菌或阿米巴原虫。绿脓杆菌感染可在24小时内导致角膜溃疡穿孔。使用过期的护理液、游泳或洗澡时不摘镜片会显著增加感染概率。早期症状包括剧烈眼痛、畏光、分泌物增多。
干眼症发生率在隐形眼镜使用者中较高。镜片吸附泪膜中的脂质层，加速泪液蒸发。长期佩戴可能破坏杯状细胞功能，导致黏蛋白分泌减少。症状表现为异物感、烧灼感，严重时出现角膜点状上皮脱落。硅水凝胶材质镜片可减轻但不完全避免该问题。
角膜新生血管是机体对慢性缺氧的代偿反应。血管从角膜缘向中央生长，初期无症状，后期可能引起视力下降、角膜混浊。连续过夜佩戴会使发生概率增加。定期停用隐形眼镜或改用高透氧硬性角膜接触镜可延缓进展。
机械性损伤多发生于摘戴操作不当或镜片破损时。指甲划伤角膜可能遗留永久性瘢痕，破损镜片边缘摩擦可导致角膜上皮缺损。近视激光手术术前需停戴隐形眼镜，部分原因是为避免角膜形态测量误差。
建议选择日抛型高透氧硅水凝胶镜片，每日佩戴不超过8小时，避免过夜佩戴。摘戴前用不含香料和防腐剂的洗手液清洁双手，定期进行眼科检查。出现眼红、眼痛、视力下降等症状应立即停用并就医。游泳、洗澡、睡觉前必须摘除镜片，护理液开封后超过三个月应丢弃。框架眼镜与隐形眼镜交替使用有助于减少并发症风险。