人乳头瘤病毒感染的治疗效果与病毒分型、感染部位及免疫状态有关，低危型通常可自愈或通过局部治疗清除，高危型需长期监测结合医疗干预。
低危型人乳头瘤病毒感染如引起生殖器疣，可采用冷冻治疗、激光消融或外用咪喹莫特乳膏等局部处理，多数患者在3-6个月内病灶消退。高危型如HPV16/18导致的宫颈病变，需通过阴道镜活检评估后行宫颈锥切术，并定期复查TCT和HPV检测。免疫调节剂如干扰素凝胶可作为辅助治疗，但无法根治病毒。合并免疫功能低下者需同步治疗基础疾病，否则易反复感染。部分持续感染高危型病毒的患者可能需5年以上随访，期间出现癌前病变时需及时手术干预。
妊娠期感染人乳头瘤病毒通常暂不处理，但巨大疣体阻塞产道时需剖宫产。儿童喉乳头状瘤需多次手术切除，并配合光动力治疗防止复发。肛门生殖器区域广泛疣体或癌变风险极高者，可能需联合放疗与免疫治疗。合并HIV感染者需将CD4细胞计数维持在较高水平，否则治疗效果显著降低。
人乳头瘤病毒感染后应保持规律作息与均衡饮食，适当补充硒元素和维生素E可能有助于免疫清除。避免多个性伴侣并全程使用避孕套可降低交叉感染风险。接种九价HPV疫苗能预防70%以上高危型感染，即使已感染者接种仍可预防其他未感染亚型。定期妇科检查或皮肤科随访对早期发现病变至关重要，出现新发疣体或异常出血时应立即就医。日常注意会阴清洁干燥，避免搔抓皮损防止自体接种传播。