肛瘘可通过挂线疗法、切开引流术、中药坐浴、口服中药汤剂、外敷膏药等方式治疗，通常由湿热下注、气血瘀滞、脾虚气陷等因素引起。
1、挂线疗法
挂线疗法是中医治疗肛瘘的经典术式，通过橡皮筋或药线的机械压迫作用，逐步切开瘘管并促进创面愈合。该方法创伤较小，能有效避免肛门失禁风险，适用于单纯性低位肛瘘。术后需配合清热解毒类中药坐浴，如苦参汤加减。
2、切开引流术
对于复杂性高位肛瘘，可采用切开引流术彻底清除瘘管及感染灶。术中需注意保护肛门括约肌功能，术后用生肌玉红膏外敷促进创面修复。该疗法需配合补益气血的中药调理，如八珍汤加减。
3、中药坐浴
选用清热解毒、活血化瘀类中药煎汤坐浴，常用方剂如五倍子汤、苦参汤等。每日1-2次，每次15-20分钟，能缓解局部红肿疼痛，抑制分泌物渗出。适用于术后创面护理或暂时不宜手术者。
4、口服中药汤剂
根据证型选用不同方剂:湿热下注证用萆薢渗湿汤加减，气血瘀滞证用桃红四物汤加减，脾虚气陷证用补中益气汤加减。需连续服用2-4周，配合饮食调理。
5、外敷膏药
急性期可外敷金黄散消肿止痛，慢性期用生肌玉红膏促进瘘管愈合。膏药需每日更换，配合红外线照射可增强药效。过敏体质者慎用。
治疗期间需保持肛门清洁干燥，避免久坐久站，忌食辛辣刺激食物。每日可进行提肛运动锻炼盆底肌，促进局部血液循环。若出现发热、剧烈疼痛或分泌物增多等情况应及时复诊。术后3个月内定期复查，防止复发。